राधा दामोदर मंदिर करीब साढ़े चार सौ वर्ष पुराना है। संवत 1599 सन् 1542 की माघ शुक्ल दशमी के दिन श्रीरूप गोस्वामी ने यहाँ राधा दामोदर जी के विग्रहों की स्थापना करके, उनकी सेवा का भार जीव गोस्वामी को सौंपा। इसी मंदिर में छह गोस्वामियों, रूप गोस्वामी, सनातन गोस्वामी, भक्त रघुनाथ, जीव गोस्वामी, गोपाल भट्ट, रघुनाथ दास ने अपनी साधना स्थली बनाया। श्री रूपगोस्वामी जी सेवाकुंज के अन्तर्गत यहीं भजन कुटी में वास करते थे। यहीं पर तत्कालीन गोस्वामीगण एवं भक्तजन सम्मिलित होकर इष्टगोष्ठी करते थे और श्री रघुनाथभट्ट जी अपने मधुर कंठ से उस वैष्णव सभा में श्रीमद्भागवत की व्याख्या करते।

राधा दामोदर मंदिर को इस्कॉन मन्दिर के संस्थापक प्रभुपाद महाराज ने अपने वृन्दावन प्रवास के दौरान सर्वप्रथम आराधना का केंद्र बनाया था। ऐसी मान्यता है कि राधा दामोदर मंदिर की परिक्रमा करने से उसमें विराजमान गिरिराज शिला की स्वतः परिक्रमा हो जाती है। इसकी एक किलोमीटर से भी कम की चार परिक्रमाएँ करने से श्रृद्धालु गिरिराज गोवर्धन की 25 किलोमीटर लम्बी परिक्रमा का पुण्य अर्जित कर लेता है।

राधा दामोदर मंदिर में राजस्थानी शैली की वास्तुकला दिखाई देती है। मंदिर के प्रवेश द्वार पर राजस्थानी शैली में भव्य गेट बना है। मंदिर के केंद्र में एक खुले आंगन के साथ-साथ खूबसूरती से नक्काशीदार खंभे और एक शानदार चित्रित छत है। गर्भ गृह के सिंहासन में श्री वृन्दावनचन्द्र, श्री छैलचिकनिया, श्री राधाविनोद और श्री राधामाधव आदि विग्रह विराजमान हैं। मंदिर के पीछे श्री जीवगोस्वामी तथा श्री कृष्णदास गोस्वामी की समाधियाँ प्रतिष्ठित हैं। मंदिर के उत्तर भाग में श्रीपाद रूपगोस्वामी की भजन-कुटी और समाधि मन्दिर स्थित हैं। पास ही श्रीभूगर्भ गोस्वामी की समाधि है।

राधा दामोदर मंदिर में श्री कृष्ण जी को फल, माखन, मिश्री, ड्राई फ्रूट्स का भोग लगाया जाता है। मंदिर में प्रभु को खीर भी चढ़ाई जाती है।