भगवान श्रीकृष्ण की शिक्षास्थली उज्जैन में बने इस्कॉन मंदिर का निर्माण सन् 2006 में हुआ। राजस्थान के मकराना शहर के सफेद संगमरमर से मंदिर का निर्माण किया गया है। यह उज्जैन और इस्कॉन संगठन का एकमात्र पूर्णतः सौर ऊर्जा से संचालित मंदिर है। भगवान श्रीकृष्ण, बलराम और उनके मित्र सुदामा ने उज्जैन में महर्षि सांदिपनी से शिक्षा प्राप्त की थी। इस वजह से भी उज्जैन में बने इस्कॉन मंदिर से भक्तों का विशेष जुड़ाव है। यह उज्जैन और इस्कॉन संगठन का एकमात्र पूर्णतः सौर ऊर्जा से संचालित मंदिर है।

इस्कॉन मंदिर भगवान श्री कृष्ण की लीलाओं और समाज के दिए उनके संदेशों का प्रचार-पसार करता है। इस्कॉन मंदिर से भक्तों का विशेष जुड़ाव रहता है, खासकर विदेशी भक्त और श्रद्धालु श्री कृष्ण की भक्ति में डूबे रहते हैं। इस्कॉन का सदस्य बनने से पहले श्रद्धालुओं को लहसुन, प्याज, मांस और मछली जैसे तामसिक भोजन का सेवन त्यागना होता है। साथ ही शराब का सेवन भी बंद करना होता है। - इस्कॉन के अनुयायियों के लिए रोजाना शाम के वक़्त करीबन एक घंटे गीता या अन्य किसी धार्मिक ग्रन्थ का पाठ करना अनिवार्य माना जाता है। इसके आलावा सदस्यों को अपनी क्षमता के अनुसार रुद्राक्ष की माला से 'हरे कृष्णा-हरे रामा' का जाप करना अनिवार्य होता है।

इस्कॉन मंदिर, उज्जैन का निर्माण 2006 में किया गया था। मंदिर में तीन पवित्र स्थान हैं, जिनमें भगवान कृष्ण और राधा के साथ गोपियों, बलराम और कृष्ण और निताई गौर (कृष्ण और बलराम के अवतार) की मूर्तियां हैं। यहां मुरली मनोहर और उनकी प्रेमिका राधा की बेहद खूबसूरत प्रतिमा है। हर इस्कॉन मंदिर की तरह यहां तुलसी बगीचा है। मंदिर की छत पर कमल के फूल के ऊपर रासलीला में लीन श्रीकृष्ण और राधारानी का अद्‍भुत चित्रांकन है।

इस्कॉन मंदिर में भक्त अपनी श्रद्धा के अनुसार बेसन और बूंदी के लड्डू का भोग भगवान श्री कृष्ण को लगाते हैं।